故事以大都市纽特市为舞台，在那里正在兴建为保护神奇宝贝而设立的设施神奇宝贝山庄，即将在近期完工但是因失去了过去的故乡，而将所见的一切都视作敌人攻击的盖诺赛克特也出现在这里！只见他朝着在现场的小智和皮卡丘发射破坏技术，千钧一发之际，出现在小智等人面前保护他们的，竟然是传说中的神奇宝贝‧超梦！超梦认为盖诺赛克特和他一样，都是原本不应该出现在这世上的神奇宝贝，于是决定扛下盖诺赛克特的悲伤和愤怒，和他展开激烈的对峙…。本作将从彼此都是由人工制造的神奇宝贝之间的对战展开，引爆系列作史上最大规模的一场战斗。