本剧讲述了一位人称“金针王三怪”的国医旷世奇才、二十余年完成了由旧军医到人民军队杰出将领的蜕变山东名医王怀远，医术高超、不拘常法，人送美号“金针王三怪”。在军阀混战中，他被裹挟进入军阀张宗昌的队伍，担任了军医官，并且在战火的熏陶中掌握了出色的军事指挥本领。后来，为了寻找家传医书《火器医鉴》和报答匪王梁鼎山的救子之义，王怀远深入虎穴、加入绿林武装“虎旗军”，凭借自己过人的医术和出色的军事谋略，赢得众位弟兄的信任，当上“虎旗军”的总旗主。