故事延续第一季，原石反应堆计划在上京市遭到王一飞等人的破坏后，王一飞被神秘的黑甲武士掠走，去向不明与此同时，来自南海边陲的除魔少女唐寻嫣带着她的守护者燕青，踏上了这片是非之地。盘古少爷丁思聪渔翁得利成功接管盘古集团后，为挽救家族企业，锐意开发并推出VR游戏，一时大卖。不料好景不长，白天看似平静的上京市，一到夜晚，竟变成人人自危的屠宰场。神秘反派利用方石的黑暗之力，异化无辜市民，化身不明生物，昼伏夜出，猎杀一切所见之物。唐寻嫣和她的守护者燕青力图挽救危局，彻查不明物种源头。丁思聪和织田信长面对内忧外患，选择抗争到底。